26 сентября 2008 года Исполнительный комитет УЕФА решил, что с сезона 2009/10 соревнование будет называться Лигой Европы УЕФА. Кроме названия, изменится и формат турнира. На групповом этапе будут соревноваться 48 клубов, которые будут играть шесть матчей дома и на выезде, как на групповом этапе Лиги чемпионов УЕФА.

    * Число групп на групповой стадии увеличено до 12, и состоят они из четырех команд. Каждый клуб на данном этапе проводит по три матча дома и на выезде, а в 1/16 финала попадают обладатели первых и вторых мест.
    * Десять команд, которые не смогли преодолеть раунд плей-офф Лиги чемпионов УЕФА, попадают в групповой этап Лиги Европы напрямую.
    * До группового этапа проводится четыре отборочных раунда. В первом участвуют 46 команд. Это вице-чемпионы стран с коэффициентами с 37-го по 51-й (за исключением Лихтенштейна) и обладатели третьих мест в чемпионатах тех государств, которые в рейтинге располагаются с 22-го по 51-е место (за исключением Лихтенштейна), а также три победителя конкурса "фэйр-плей". На данной стадии они разбиваются на пары и играют со своими соперниками по разу дома и на выезде.
    * 23 победителя проходят во второй отборочный раунд, где к ним присоединяются 57 клубов: победители кубковых турниров в ассоциациях с рейтингами от 30-го до 53-го, вице-чемпионы стран с коэффициентами от 19-го до 36-го, бронзовые призеры стран с коэффициентами от 16-го до 21-го, обладатели четвертых мест в чемпионатах стран с коэффициентами от 10-го до 15-го, а также пятые команды стран с коэффициентами от седьмого до девятого. Участники вновь разбиваются на пары и играют с соперниками по разу дома и на выезде.
    * 40 сильнейших команд второго отборочного раунда оказываются в третьем, где к ним присоединяются еще 30 клубов. Победители кубковых турниров в ассоциациях с рейтингами от 18-го до 29-го, вице-чемпионы стран с коэффициентами от 16-го до 18-го, бронзовые призеры стран с коэффициентами от 10-го до 15-го, обладатели четвертых мест в чемпионатах стран с коэффициентами от седьмого до девятого, пятые команды стран с коэффициентами от четвертого до шестого, а также шестые команды трех лидеров таблицы коэффициентов. Участники в очередной раз разбиваются на пары и играют со своими соперниками по матчу дома и на выезде.
    * 35 сильнейших команд третьего отборочного раунда получат право на участие в раунде плей-офф, где к ним присоединяется 41 команда: 15 неудачников третьего раунда квалификации Лиги чемпионов УЕФА, победители кубковых турниров в ассоциациях с рейтингами от первого по 17-й, бронзовые призеры стран с коэффициентами с седьмого по девятый, обладатели четвертых мест в чемпионатах стран с коэффициентами от четвертого до шестого, а также пятые команды трех лидеров таблицы коэффициентов.
    * 38 победителей пробиваются в групповой этап. На этой стадии к ним добавляются 10 команд, которые не смогли преодолеть раунд плей-офф Лиги чемпионов УЕФА.
    * В случаях, когда обладатель национального кубка выходит в Лигу чемпионов, его место в Лиге Европы по-прежнему отдается второму финалисту.
    * В 1/16 финала Лиги Европы попадают по две лучшие команды из всех 12 групп, а также восемь клубов, которые финишируют третьими в своих группах Лиги чемпионов. 16 сильнейших команд продолжают борьбу в 1/8 финала, после чего проводятся четвертьфиналы и полуфиналы.
    * Финал состоит из одного поединка, который играется на нейтральном стадионе в среду в 20:45 по европейскому времени.
    * Матчи Лиги Европы играются по четвергам в игровые недели Лиги чемпионов и по средам и четвергам в недели, когда в Лиге чемпионов матчей не запланировано. В зависимости от места проведения матча он будет начинаться либо в 19:00, либо в 21:05 по европейскому времени.
    * Начиная с группового этапа, реализация медиаправ на Лигу Европы будет носить централизованный характер. У турнира появится неэксклюзивный представляющий спонсор и свой мяч для групповой стадии. С 1/16 финала централизованно будет осуществляться также выбор спонсоров.

Группа A:
Андерлехт 1-1 Аякс
Тимишоара 0-3 Динамо Загреб
Группа B:
Славия 1-5 Лилль
Валенсия 3-2 Дженоа
Группа C:
Селтик 1-1 Рапид
Гамбург 4-2 Хапоэль
Группа D:
Спортинг 1-0 Герта
Вентспилс 0-0 Херенвеен
Группа E:
Фулхэм 1-0 Базель
Рома 2-0 ЦСКА
Группа F:
Динамо 0-1 Панатинаикос
Галатасарай 1-1 Штурм
Группа G:
Зальцбург 2-0 Вильяреал
Левски 0-4 Лацио
Группа H:
Твенте 0-0 Стяуа
Шериф 0-1 Фенербахче
Группа I:
АЕК 1-0 Бенфика
БАТЭ 1-2 Эвертон
Группа J:
Тулуза 2-2 Брюгге
Шахтер 4-1 Партизан
Группа K:
Копенгаген 1-0 Спарта
ПСВ Эйндховен 1-0 ЧФР
Группа L:
Вердер 3-1 Атлетик
Аустрия 1-1 Насьонал